Родился 19 февраля 1936 года в городе Алма-Ата. Казах. Отец – Аубакиров Фидохмет Сулейменович (1909–1937). Мать – Чебашова Вера Евгеньевна (1914–1997).
Окончил физический факультет Казахского государственного университета им. С.М. Кирова (1958), физик.
Кандидат (1969), доктор (1986) юридических наук. Тема докторской диссертации: «Теория и практика моделирования в криминалистической экспертизе» (1986). Профессор Академии МВД РК (с 1993 года).
Автор монографий «Теория моделирования в криминалистической экспертизе» (1984), «Лазеры в криминалистике и судебной экспертизе» (Киев, 1986), «Криминалистика: криминалистическая техника» (2002), «Криминалистическая тактика» (2003), 6 учебных пособий, более 100 научных статей по криминалистической и судебной экспертизе.
Владеет русским, казахским и английским языками.
Член КПСС (1966–1990).
С 1958 года – младший научный сотрудник, с 1961 года – старший научный сотрудник Казахского НИИ судебных экспертиз. С 1966 года – заведующий отделом, с 1969 года – заместитель директора по научной работе Казахского НИИ судебных экспертиз. С 1989 года – директор Казахского НИИ судебных экспертиз. С 1997 года – главный научный сотрудник Казахского НИИ судебных экспертиз. С 2002 года – заведующий кафедрой криминалистики Алматинской юридической академии Казахского гуманитарно-юридического университета.
С 2008 года по настоящее время – профессор кафедры экспертно-технического обеспечения раскрытия и расследования преступлений Академии МВД РК.
Награжден медалями «Ветеран труда» (1985), «Қазақстан
Конституциясына 10 жыл» (2005).
Воинское звание – старший лейтенант.
Религиозные взгляды – атеист.
Прогноз будущего Казахстана – «Только вперед».
Хобби – компьютер.
Литературные пристрастия – мировая классика.
Женат. Супруга – Аубакирова Виолетта Ризвановна, домохозяйка. Сын – Аубакиров Андрей Александрович; дочь – Аубакирова Анна Александровна.