Родился 3 сентября 1962 года в городе Кзыл-Орда. Казах.
Окончил лечебный факультет Алма-Атинского медицин­ского института (1986), хирург; экономический факультет Казахского экономического университета им. Т. Рыскулова (2006), бакалавр экономики.
Доктор медицинских наук (2001). Профессор (с 2006).
Владеет казахским и русским языками.
С 1986 года – врач-хирург, с 1987 года – врач-эндоскопист Кзыл-Ординской областной больницы. С 1990 года – на­учный сотрудник клиники, с 1991 года – научный сотруд­ник хирургического отделения, с 1995 года – старший на­учный сотрудник хирургического отделения Клинического и экспериментального научно-исследовательского инсти­тута им. А.Н. Сызганова (г. Алматы). С 2000 года – началь­ник Южно-Казахстанского областного управления здра­вохранения г. Шымкент. С 2002 года – начальник Южно-Казахстанского областного департамента здравоохране­ния г. Шымкент. С 2003 года – директор, с 2007 года – за­ведующий отделением РГКП «Научный центр хирургии им. А.Н. Сызганова» (г. Алматы). С июля 2008 года – начальник Управления здравоохранения Кызылординской области.
С апреля 2011 года по настоящее время – председатель Совета директоров республиканского научного центра неотложной помощи.
Награжден орденом «Құрмет» (2006), медалями «Қазақстан Республикасының тәуелсіздігіне 10 жыл» (2001), «Астананың 10 жылдығы», знаком «Денсаулық сақтау ісінің үздігі».
Дочери – Баймаханова Гульнара Болатбековна, Баймаханова Айман Болатбековна; сын – Баймаханов Жасулан Болатбекович.