Родился 17 ноября 1940 года в городе Талгар Алма-Атинской области. Казах.
Отец – Байпаков Молдахмет, участник ВОВ, погиб в бою. Мать – Баландина Лидия Ивановна, ныне покойная.
Окончил исторический факультет Ленинградского ордена Ленина государственного университета им. А.А. Жданова (1963), историк-археолог, учитель истории, конституции и основ политических знаний.
Кандидат (1966), доктор (1986) исторических наук. Тема докторской диссертации: «Средневековая городская куль­тура Южного Казахстана и Семиречья в VI – начале XIII вв. (динамика и основные этапы развития)». Профессор. Член-корреспондент (1994), академик (2004) Националь­ной академии наук РК.
Автор свыше 30 монографий, 4 учебных пособий по архе­ологии для вузов, 8 учебников для школ, 15 альбомов и свыше 550 научных статей на русском, казахском, англий­ском, французском, немецком, итальянском, турецком, японском, корейском и китайском языках в научных изда­ниях, более 100 научно-популярных публикаций в перио­дической печати (1964–2008).
Владеет казахским, русским и английским (разговорным) языками.
Член КПСС (1971–1987).
С 1963 года – аспирант, младший научный сотрудник, с 1982 года – старший научный сотрудник по специально­сти «Археология», заведующий отделом средневековой археологии, руководитель археологического центра Инсти­тута истории, археологии и этнографии им. Ч. Валиханова Академии наук КазССР. С 1991 года – директор Института археологии им. А.Х. Маргулана МОН РК.
Член Казахского национального комитета «Великий Шел­ковый путь» (1991). Член научного общества Дунхуано-Турфановедения (1992). Член-корреспондент Немецкого археологического института в Берлине (1995). Член Меж­дународного комитета ЮНЕСКО по подготовке 6-томной «Истории цивилизации Центральной Азии» – член редкол­легии, автор и соавтор в 4 и 5 томах, сопредседатель ред­коллегии по подготовке и выпуску 5 тома (1996). Эксперт проекта Казахстан–Япония–ЮНЕСКО «Сохранение древ­него городища Отрар» (с 2002). Руководитель секции ар­хеологии и архитектуры общественного совета по реали­зации программы «Культурное наследие» (с 2004). Меж­дународный эксперт ЮНЕСКО по подготовке трансгра­ничной номинации «Великий Шелковый путь. Отрезок Ки­тай – Центральная Азия» (с 2006).
Лауреат премии им. Ч. Валиханова (1988), независимой премии «Платиновый Тарлан» в номинации «Наука и про­свещение» (2007). Награжден орденами «Парасат» (2003), «Барыс» ІІІ степени (2010); медалью ЮНЕСКО за вклад в мировую науку (2005), серебряной медалью им. А. Байтур­сынова (2008); нагрудным знаком «За заслуги в развитии науки Республики Казахстан» (2002); дипломом и памят­ным знаком «За вклад в изучение духовного развития му­сульманских стран Экономического содружества» (2006).
Заслуженный деятель науки и техники РК (1998). «Человек года» в номинации «Деятель науки» (2004).
Религиозные взгляды – атеист.
Идеал политического деятеля – Н.А. Назарбаев.
Прогноз будущего Казахстана – «Демократическое процве­тающее государство».
Хобби – коллекционирование мелкой пластики (фарфор, керамика).
Литературные пристрастия – русская поэзия XIX – начала XX вв.
Женат. Супруга – Савельева Тамара Владимировна, главный научный сотрудник, доктор исторических наук по археологии. Сыновья – Байпаков Валентин (1966 г. р.), ху­дожник, Байпаков Марат (1984 г. р.), юрист; дочь – Байпа­кова Лидия (1976 г. р.), востоковед-синолог.