Родился 10 марта 1967 года в городе Ленинград.
Обучался в Московском институте криптографии, связи и информатики (1984–1986). Окончил Санкт-Петербургскую духовную семинарию по первому разряду (1990); Санкт-Петербургскую духовную академию (1994).
Кандидат богословия (2003). Тема кандидатской диссертации: «Жизнь и труды протоиерея Александра Васильевича Горского».
Автор монографии «Великан учености. Жизнь и труды протоиерея А.В. Горского»; научных статьей и публикаций по проблемам церковной и общественной жизни.
С марта по декабрь 1986 года – служба в рядах Советской Армии. С декабря 1986 года – псаломщик Косьмо-Дамиановской церкви г. Кирсанов Тамбовской епархии. С 1988 года – псаломщик Никольской церкви с. Саблино Тосненского района Санкт-Петербургской епархии. 21 сентября 1990 года рукоположен в сан диакона митрополитом Санкт-Петербургским и Ладожским Иоанном (Снычевым). 18 ноября 1990 года рукоположен в сан пресвитера архиепископом Смоленским и Калининградским (ныне Святейший Патриарх Московский и всея Руси) Кириллом. С 1990 года – священник Спасо-Преображенского собора г. Санкт-Петербург. С 1992 по 1994 годы – священник Михайловского собора г. Ломоносов Санкт-Петербургской епархии. В 1994 году принял приглашение архиепископа Костромского и Галичского Александра участвовать в возрождении духовного образования в Костромской епархии и в сентябре 1994 был принят в клир Костромской епархии. 1 января 1995 года архиепископом Костромским и Галичским Александром (Могилевым) пострижен в монашество с именем Геннадий в честь преподобного Геннадия Костромского. С 1995 по 1996 годы – ректор Костромского духовного училища. С 1995 по 2010 годы – настоятель Свято-Алексеевской церкви г. Кострома. С 1995 по 2010 годы – председатель Епархиальной комиссии канонизации святых Костромской епархии. В 1996 году возведен в сан игумена. С 1996 года принимал участие в различных проектах в сфере православного молодежного служения, проводимых в рамках деятельности Всецерковного православного молодежного движения, позже – Синодального отдела по делам молодежи. В 1995 году на XV Генеральной ассамблее Всемирного братства православной молодежи «Синдесмос» был избран в состав Исполнительного комитета в качестве представителя Восточно-Европейского региона. С 1996 по 2010 годы – преподаватель общецерковной истории, истории Русской православной церкви, пастырского богословия – ректор возрожденной Костромской духовной семинарии. 1 сентября 1998 года возведен в сан архимандрита. С 2000 года ― заместитель председателя Синодального отдела по делам молодежи. С апреля 2010 года – клирик Астанайской и Алматинской епархии, настоятель Вознесенского кафедрального собора. Решением Священного Синода от 31 мая 2010 года избран викарием Астанайской епархии с титулом Каскеленский (журнал заседания Священного Синода №43). Решением Священного Синода от 26 июля 2010 года назначен ректором Алматинской духовной семинарии (журнал заседания Священного Синода №79). 7 октября 2010 года в Свято-Троицкой Сергиевой лавре Святейший Патриарх Московский и всея Руси Кирилл совершил чин наречения архимандрита Геннадия во епископа Каскеленского, викария Астанайской епархии.
10 октября 2010 года, за Божественной литургией в соборе Рождества Пресвятой Богородицы г. Орехово-Зуево Московской области Святейший Патриарх Кирилл хиротонисан архимандрита Геннадия во епископа Каскеленского, викария Астанайской епархии.
Награжден орденами преподобного Сергия Радонежского III степени, Святого Иннокентия, митрополита Московского и Коломенского III степени.